Döner sermaye ücretlerinin yatırılması gereken yerler, ilgili kurumun döner sermaye saymanlığına göre değişiklik gösterebilir. Örneğin, Çevre, Şehircilik ve İklim Değişikliği Bakanlığı döner sermaye tahsilatları için Vakıfbank, Ziraat Bankası ve Halkbank ile protokoller yapmıştır. Ayrıca, e-devlet üzerinden de döner sermaye ödemeleri yapılabilir. Döner sermaye ücretlerinin doğru bir şekilde yatırılması için ilgili kurumun güncel tahsilat yöntemlerini ve hesap bilgilerini kontrol etmek önemlidir.