Fermantasyon çeşitleri temelde dört ana kategoriye ayrılır: 1. Laktik Asit Fermantasyonu: Gıdaların asitlenmesini sağlar ve yoğurt, ayran, peynir gibi ürünlerin üretiminde kullanılır. 2. Alkol Fermantasyonu: Ekmek ve alkol yapımında tercih edilir; maya hücreleri alkol ve karbondioksit üretir. 3. Propiyonik Asit Fermantasyonu: İsviçre tipi peynirlerin yapımında kullanılır. 4. Asetik Asit Fermantasyonu: Sirke üretiminde görülür; alkol asetik aside dönüştürülür. Ayrıca, katı hal, sıvı hal ve sıvı-katı (yarı katı hal) gibi daha spesifik fermantasyon çeşitleri de vardır.