Bilim felsefesinde metafiziğin yeri, farklı görüşlere göre değişiklik göstermektedir: Metafiziği olumsuzlayanlar, mantıksal pozitivizmin etkisiyle, metafiziği bilimsel tartışmaların merkezinden uzaklaştırmış ve marjinalize etmişlerdir. Metafiziği olumlayanlar, özellikler, nedensellik, yasalar ve yöntem gibi şeylerin doğasına ilişkin yapılan metafiziksel araştırmaların, evrenin betimlemelerini yorumlamak için gerekli olduğunu savunurlar. Günümüzde, metafiziğin bilim dünyasındaki rolü hâlâ tartışmalıdır. Bilim, metafiziğin rehberliği olmadan yalnızca verilere odaklanır ve bu verileri daha geniş bir bağlamda yorumlama yeteneğini kaybeder.