Enzimlerin özgüllüğü, enzim ve substratının birbirini tamamlayıcı şekil, yük ve hidrofilik/hidrofobik özelliklerine bağlıdır. Enzim özgüllüğünü açıklayan "anahtar-kilit" modeline göre, enzim ve substratının geometrik şekilleri uyumludur. Enzimin özgüllüğü ayrıca şu faktörlere de bağlıdır: Kofaktörler: Enzimin aktif bölgesinde kofaktörlerin varlığı. pH ve sıcaklık: Ortamın pH değeri ve sıcaklık değişiklikleri, enzim-substrat etkileşimini etkileyebilir. Substrat yapısı: Substratın, enzimin etki edebileceği kimyasal bağlara ve uygun pozisyonlara sahip olması.