Enzim substrat uyumu, enzimin belirli bir substratı tanıması ve onunla etkileşime girmesi sayesinde belirlenir. Bu uyum, iki ana modelle açıklanır: 1. Anahtar-Kilit Modeli: Enzimin aktif bölgesi, substrat için tam uyumlu bir "kilit" gibidir ve substrat, enzim üzerinde "anahtar" gibi tam yerine oturur. 2. İndüklenmiş Uyum Modeli: Enzim, substrat bağlandığında şeklini değiştirir ve substrata daha iyi uyum sağlar. Bu uyum, enzimlerin sadece kendi substratlarına özgü olarak çalışmasını ve kimyasal süreçlerin o an için gerçekleşeceğini denetlemesini sağlar.