Kanatlılarda histoloji çalışmaları genellikle sindirim sistemi, üreme sistemi, karaciğer ve pankreas gibi organlar üzerinde yapılmaktadır. Sindirim sistemi: Ağız boşluğu, yemek borusu, kursak, mide (glandüler ve muskuler), ince bağırsak (duodenum, jejunum, ileum), kalın bağırsak (sekum, rektum, kloaka). Üreme sistemi: Testis, epididimis, duktus deferens, fallus. Karaciğer: Kanatlılarda karaciğerin yapısı ve kan akımı. Pankreas: Histolojik yapısı ve endokrin-ekzokrin görevleri. Ayrıca, kanatlılarda mukoza ilişkili lenfoid doku (MALT) gibi bağışıklık sistemi organları da histolojik olarak incelenmektedir.