Bronkoskopik biyopsi, genel olarak güvenli kabul edilse de bazı riskler taşır. Olası komplikasyonlar: Geçici ateş, kanama, nefes darlığı gibi durumlar. Biyopsi örneğinin tümörü veya lezyonu temsil etmemesi. Uygun olmayan biyopsilerin patolojik değerlendirme ile doğru tanı alamaması. Risk faktörleri, hastanın genel sağlık durumu ve yapılan müdahalelere bağlı olarak değişiklik gösterebilir. Bronkoskopik biyopsi öncesi, hastanın tıbbi geçmişi ve mevcut durumu dikkatlice değerlendirilir. Herhangi bir tıbbi işlemde olduğu gibi, bronkoskopik biyopsi öncesinde de bir sağlık uzmanına danışılması önerilir.