EBYS (Elektronik Belge Yönetim Sistemi) ve ESYS (Elektronik Sağlık Yönetim Sistemi) arasındaki temel fark, kullanım alanları ve işlevleridir. EBYS, kurum ve kuruluşlardaki belge akışını yönetmek için geliştirilmiş bir yazılım sistemidir. ESYS hakkında ise bilgi bulunamamıştır. Bu nedenle, EBYS ve ESYS arasındaki fark, EBYS'nin belge yönetimi, ESYS'nin ise sağlık yönetimi için tasarlanmış olmasıdır.