Tomografi yerine MR çekilmesi gereken durumlar genellikle şu şekilde özetlenebilir: 1. Yumuşak dokuların incelenmesi: MR, beyin, omurilik, kaslar, bağlar ve tendonlar gibi yumuşak dokuların ayrıntılı görüntülerini sağlamada daha üstündür. 2. Nörolojik hastalıklar: Baş ağrısı, baş dönmesi, epilepsi, beyin tümörü, bunama ve felç gibi nörolojik hastalıkların tespitinde MR tercih edilir. 3. Kalp hastalıkları: Kalbin yapısı, fonksiyonu ve koroner damarların görüntülenmesi için MR kullanılır. 4. Kanser teşhisi: Özellikle karaciğer, böbrek ve pankreas gibi organlardaki yumuşak doku kanserlerinin tespitinde MR önerilir. Tomografi ise genellikle kemikler, akciğerler ve acil durumlarda hızlı tarama gerektiren durumlarda daha uygundur.