Bitki sağlığı sertifikası için yapılan tahliller, ürünün bitkisel hastalıklardan ari olduğunu belgelemek amacıyla gerçekleştirilir. Bu kapsamda yapılan bazı tahliller şunlardır: Aflatoksin analizi: Fındık, antepfıstığı ve kuru incir gibi ürünlerin Avrupa Birliği ülkelerine ihracatında zorunludur. Pestisit analizi: Tarım ürünlerinin kimyasal kalıntılardan ari olduğunu doğrulamak için yapılır. Radyasyon analizi: Doğa mantarlarının Avrupa Birliği'ne ihracatında, Türkiye Atom Enerjisi Kurumu (TAEK) tarafından yapılır. Bitki sağlığı sertifikası, Gıda Tarım ve Hayvancılık Bakanlığı il müdürlükleri tarafından düzenlenen muayene ve analiz raporuna dayanır.