Porsuk Çayı'nın kirli olmasının bazı nedenleri: Sanayi ve evsel atıklar: Kütahya ve Eskişehir'deki sanayi tesisleri (örneğin, Kütahya Şeker Fabrikası, Azot Fabrikası, Seyitömer Termik Santrali) ve evsel atık sular, çayı kirletmektedir. Tarımsal faaliyetler: Sulama sonrası geri dönen sularda aşırı azot ve fosfor bulunması, çayda kirliliğe yol açmaktadır. Taşkın ve sel: Porsuk Barajı'nda biriken çamurların temizlenmemesi, taşkın riskini artırmakta ve suyun kirlenmesine neden olmaktadır. Arıtma tesislerinin yetersizliği: Kütahya ve Eskişehir'deki arıtma tesisleri, verimli bir şekilde çalışmamaktadır.