Prof. Dr. Ali Gür, Cumhurbaşkanlığı kararıyla tekrar atanmaya uygun görülmediği için görevden alınmıştır. Gür'ün görevden alınmasında, hakkında öne sürülen aşağıdaki iddialar da etkili olmuş olabilir: FETÖ bağlantıları: Gazeteci Murat Güreş, Gür'ün FETÖ soruşturması kapsamında ihraç edilmesinin talep edildiğini iddia etmiştir. Usulsüzlükler: Gür'e, "belgede sahtecilik" ve "görevi kötüye kullanma" suçlarıyla YÖK tarafından soruşturma açılmıştır. Geçmiş bilgilerini sildirmesi: Gür'ün, internetten geçmiş bilgilerini para karşılığında sildirdiği bilinmektedir. Kur'an okuyan öğrencilere disiplin cezası uygulaması: Gür'ün rektörlüğü döneminde, Kur'an okuyan öğrencilere disiplin cezası uygulaması gibi keyfi politikalar yürüttüğü belirtilmiştir.