Erhan Afyoncu, Milli Savunma Üniversitesi rektörlüğüne, 4 Ekim 2016 tarihinde, Cumhurbaşkanı Recep Tayyip Erdoğan tarafından atanmıştır . Bu atama, Türkiye Cumhuriyeti Anayasası'nın 130. ve 669 sayılı Kanun Hükmünde Kararname'nin 5. maddeleri uyarınca gerçekleştirilmiştir .
Erhan Afyoncu'nun rektörlük görevine getirilme nedeni olarak, akademik kariyeri ve tarih alanındaki uzmanlığı gösterilebilir. Kendisi, tarihçilik, yazarlık, televizyon programcılığı ve köşe yazarlığı gibi alanlarda önemli çalışmalara imza atmıştır .