Jin-Roh: Kurt Tugayı, alternatif bir gerçeklikte, II. Dünya Savaşı'nda Nazi zaferinden sonra Japonya'nın baskıcı bir düzenle yönetildiği bir dünyada geçer. Filmin hikayesi, Kerberos adlı özel polis biriminin, Sect adlı aşırı solcu terörist örgüte karşı verdiği mücadeleyi ve bu süreçte bomba kuryesi Kei Amemiya ile Kerberos üyesi Kazuki Fuse'nin yaşadıklarını anlatır. Film, distopik bir gelecekteki toplumsal yapı, politika ve insan psikolojisi gibi temaları işler. Sembolizm ve felsefi bakış açıları çerçevesinde, kurt ve kerberos simgeleri kullanılarak, bir köpeğin uysallığı ve özgürlük arayışı ele alınır.