Karain Mağarası, önemli bir tarihi ve arkeolojik alan olarak kabul edilir çünkü: 1. Kesintisiz Katmanlaşma: Mağara, Alt, Orta ve Üst Paleolitik Çağ olarak kesintisiz bir katmanlaşma göstermektedir. 2. İlk İnsan Kalıntıları: Mağarada bulunan eserler, Türkiye'nin bilinen en eski insan kalıntılarını simgeler ve Anadolu sanatının ilk örneklerini temsil eder. 3. Fosil Kalıntıları: Mağara, fosil kalıntıları ve mutlak yaşlandırma sonuçlarıyla Türkiye'nin Pleistosen Çağı Arkeolojisine büyük katkılar sağlamıştır. 4. Dini ve Kültürel Kullanım: Antik dönemlerde adak mağara (tapınak) olarak kullanılmış olup, mağara alnı ve dış duvarları üzerinde Grekçe kitabe ve nişler bulunmaktadır. 5. Dünya Mirası Önerisi: Karain Mağarası ve çevresindeki diğer mağaralarla birlikte, doğal ve kültürel özellikleri dolayısıyla karma sit olarak UNESCO Dünya Mirası listesine önerilmektedir.