Ahmet Taner Kışlalı, 21 Ekim 1999 tarihinde Ankara'da evinin önünde uğradığı bombalı saldırı sonucu hayatını kaybetmiştir. Kışlalı, o sabah Cumhuriyet gazetesine yazdığı son yazısını faksladıktan sonra aracına yönelmiş ve aracın sileceğine bırakılan bombalı paketin patlamasıyla sol kolu kopmuş, hastanede yapılan tüm müdahalelere rağmen kurtarılamamıştır. Kışlalı, ölümünden kısa süre önce yazdığı yazılar nedeniyle hedef haline gelmiş, bazı gazetelerde fotoğrafının üzerine çarpı işareti konularak hedef gösterilmişti. Faili meçhul kalan bu suikastın sorumluları bulunamamıştır.