Çekirdek çapı, atomun genel çapından farklı olarak, doğrudan ölçülmesi zor bir büyüklüktür. Ancak, atomun genel çapı, yani atom yarıçapı, şu şekillerde değişebilir: Periyodik tabloda soldan sağa doğru gidildikçe, proton sayısı artar ve çekirdeğin çekim kuvveti güçlenir. Bu durum, atom yarıçapının azalmasına neden olur. Periyodik tabloda yukarıdan aşağıya doğru gidildikçe, enerji katmanlarının sayısı artar ve çekirdeğin çekim kuvveti zayıflar. Bu durum, atom yarıçapının büyümesine yol açar. Ayrıca, kimyasal bağlar ve izotoplar da atom yarıçapını etkileyebilir; örneğin, elektron kazanan bir ametal atomu büyür, elektron kaybeden bir metal atomu ise küçülür.