Karşıt incelemeden muaf olan bazı durumlar ve kurumlar şunlardır: Genel ve katma bütçeli idareler, belediyeler, il özel idareleri ve en az %51 veya daha fazla hissesi bu kurumlara ait olan kuruluşlar. Süresinde tam tasdik sözleşmesi yapmamış mükellefler. KDV iadesi tasdik işlemlerinde, karşıt inceleme zorunluluğu kapsamı dışında bırakılan kurum ve kuruluşlardan yapılan mal ve hizmet alımları. Ayrıca, 29 Seri No'lu SM, SMMM ve YMM Kanunu Genel Tebliği'ne göre, Yeminli Mali Müşavir (YMM) hangi aşamaya kadar karşıt inceleme yapılacağına kendisi karar verir, ancak 27 Seri No'lu Genel Tebliğ'de belirlenen esaslara uyulması zorunludur.