Gümrükte şartlı muafiyet, serbest dolaşımda olmayan eşyaya, transit, antrepo, şartlı muafiyet sistemi kapsamında dahilde işleme, gümrük kontrolü altında işleme, geçici ithalat gibi rejimlerin uygulanması anlamına gelmektedir. Bu rejimlerin kullanılması, teminat verilmesi ve eşyanın gümrük gözetiminde bulundurulması koşullarına bağlıdır. Şartlı muafiyet rejimlerine tabi tutulan eşya için idarenin, Gümrük Kanunu'nun 15/1, 30, 134 ve 193/1'inci maddeleri hükümlerini de uygulayarak vergiyi tarh etmesi ve mükellefe tebliğ etmesi gerekir.