Bekirağa Bölüğü'nde çeşitli dönemlerde birçok ünlü kişi ve siyasi suçlu tutulmuştur. Bunlar arasında: II. Abdülhamit döneminde: Jön Türkler ve İttihat ve Terakki Cemiyeti üyeleri bulunmaktaydı. Mondros Mütarekesi sonrası: İtilaf Devletleri'nin istihbaratçıları ve muhalifler bu hapishaneye kapatılmıştır. Son olarak: Malta'ya sürgüne gönderilmeden önce, son Meclis-i Mebûsan'ın işgal kuvvetlerince tutuklanan milletvekillerinin bir kısmı burada hapsedilmiştir. Öne çıkan isimler ise şunlardır: Sadrazam Said Halim Paşa, Şeyhülislâm Musa Kazım Efendi, Hüseyin Cahit Yalçın, Ziya Gökalp, Ahmet Ağaoğlu, Süleyman Nazif ve Boğazlıyan Kaymakamı Mehmed Kemal Bey.