Arkeler, çok çeşitli habitatlarda bulunur ve gezegenin ekosistemlerinin önemli bir bileşenidir. En çok bulundukları yerler: Ekstrem ortamlar: Yüksek sıcaklık (örneğin, gayzerler, sıcak su kaynakları), aşırı tuzluluk (örneğin, Büyük Tuz Gölü, Ölü Deniz), asitlik veya alkalilik (örneğin, karbonatça zengin topraklar). Daha ılıman ortamlar: Bataklıklar, kanalizasyon kanalları, okyanuslar, topraklar. Arkeler, toplam biyokütlenin %20'sine kadar katkıda bulunabilir ve özellikle okyanuslarda çok sayıda bulunur, planktonun bir parçasını oluşturur.