Marmara Denizi'nin dibinin karanlık olmasının birkaç nedeni vardır: 1. Güneş Işığının Azalması: Güneş ışığı, suya nüfuz ettikçe azalır ve derinlik arttıkça tamamen kaybolur, bu da denizin dibini karanlık hale getirir. 2. Partiküller: Denizdeki tortu, plankton ve diğer organik maddeler suyun şeffaflığını azaltır ve ışığın derinliklere ulaşmasını engeller. 3. Suyun Absorpsiyon Özelliği: Suyun içindeki moleküller, ışığı emerek enerjiye dönüştürür ve bu da derinliklerdeki karanlığı arttırır. 4. Kirlilik: Denizdeki kirlilik, besin tuzlarını artırarak ekosistemi olumsuz etkiler ve oksijen seviyesini düşürür, bu da denizin alt tabakalarında karanlığa yol açar.