Mor ve yeşil fotosentetik bakteriler arasındaki temel farklar şunlardır: 1. Renk: Yeşil fotosentetik bakteriler sarımsı-yeşil, yeşilimsi-turuncu veya kahverengi renkte görünürken, mor fotosentetik bakteriler mor veya kırmızımsı kahverengi bir renge sahiptir. 2. Elektron Kaynağı: Yeşil fotosentetik bakteriler elektron kaynağı olarak H2S, kükürt, hidrojen veya organik madde kullanırken, mor fotosentetik bakteriler de aynı elektron kaynaklarını kullanır, ancak ayrıca oksijensiz ortamda yaşayabilirler. 3. Fotosentez Türü: Yeşil fotosentetik bakterilerin fotosentezi anoksijendir, yani oksijen üretmezler.