Farmakoloji ve farmakoterapi arasındaki temel fark, kapsam ve amaçlarıdır. Farmakoloji, ilaçların kaynaklarını, kimyasal ve fiziksel özelliklerini, vücuda alınışlarını, etkilerini, etki şekillerini ve hastaya verilecek hale getirilme yöntemlerini araştıran bilim dalıdır. Farmakoterapi ise, ilaçların hastalıkların profilaksisi (önlenmesi) ve tedavisinde kullanılmasını inceleyen uygulamalı bir farmakoloji dalıdır. Dolayısıyla, farmakoterapi, farmakolojinin bir alt dalı olarak kabul edilir.