Yazılıkaya'nın sırrı olarak şu unsurlar öne çıkmaktadır: Astronomik sırlar: Jeoarkeolog Dr. Eberhard Zangger ve arkeoastronom Dr. Rita Gautschy, Yazılıkaya'nın 3200 yıllık bir zaman makinesi olduğunu ve A Odasındaki rölyeflerin kameri ayların, günlerin ve yılların takibinde kullanıldığını iddia etmişlerdir. Kullanım amacı: Yazılıkaya'nın tam olarak hangi amaçla kullanıldığı anlaşılamamıştır. Yazılar: Frig uygarlığına ait Yazılıkaya'daki yazılar henüz çözülememiştir.