E-imzatr'nin güvenilirliği konusunda bazı şikayetler bulunmaktadır. Kullanıcılar, teknik destek eksikliği, isim değişikliği için ekstra ücret dayatması ve gönderilen e-imzaların çalışmaması gibi sorunlar yaşadıklarını belirtmişlerdir. Ancak, E-imzatr, BTK tarafından yetkilendirilmiş bir elektronik imza servis sağlayıcısıdır ve 1, 2 ve 3 yıllık sertifika temin etme imkanı sunmaktadır. Elektronik imza kullanımı öncesinde, hizmet sağlayıcısının güvenilirliği ve sunduğu hizmetlerin yasal düzenlemelere uygunluğu kontrol edilmelidir.