Bitki hastalıklarında izolasyon şu adımlarla gerçekleştirilir: 1. Enfekte Bitki Materyalinin Uzaklaştırılması: Hastalıklı bitki parçaları ve yaprakları patojenleri barındırır ve sağlıklı bitkilere yayabilir. 2. Aletlerin Temizlenmesi ve Dezenfeksiyonu: Bitkileri budamak veya tımarlamak için kullanılan aletler, patojenik sporları veya diğer hastalığa neden olan ajanları yanlışlıkla aktarabilir. 3. Kapların Sterilize Edilmesi: Daha önce hastalıklı bitkileri barındıran kapların yeniden kullanılması, patojenlerin yeni dikimlere bulaşmasına neden olabilir. 4. Yüzey Sterilizasyonu: Bazı durumlarda, dokular %0,5’lik veya 1/10 oranında sulandırılmış sodyum hipoklorit (çamaşır suyu) çözetisinde 2 dakika bekletilir, daha sonra steril su ile yıkanır. 5. İzolasyon Yöntemleri: Hastalıklı bitkiden bakteri izolasyonu için, steril bistüri veya jiletle alınan örnekler, steril su veya uygun bir besiyeri içeren tüplere konur ve katı besiyerine aktarılır.