Atomlar arası uzaklık, Öklid mesafe formülü kullanılarak hesaplanabilir. Formül: d = √((x2 - x1)² + (y2 - y1)² + (z2 - z1)²). Burada: x1, y1, z1 birinci atomun koordinatlarını, x2, y2, z2 ise ikinci atomun koordinatlarını ifade eder. Atomlar arası uzaklığın hesaplanmasında ayrıca X-ışını kırınımı, nötron kırınımı ve elektron mikroskobu gibi teknikler de kullanılabilir. Atomlar arası uzaklık, bağ türü, elektronegatiflik ve çevresel koşullar gibi faktörlere bağlı olarak değişebilir.