Çok atomlu bileşiklerin adlandırılması, önce katyon, sonra anyon adı söylenerek yapılır. Bazı adlandırma örnekleri: KClO3 bileşiği, potasyum klorat olarak adlandırılır. Fe2(SO4)3 bileşiği, demir (III) sülfat olarak adlandırılır. Ca(MnO4)2 bileşiğinde, nikel (II) permanganat iyonları bulunur. Eğer metal farklı değerlik alabiliyorsa, katyon isminden sonra Romen rakamlarıyla (I, II, III, IV) değerlik sayısı verilir. Moleküler bileşiklerin adlandırılmasında ise, önce elektronegatifliği daha düşük element yazılır, daha sonra daha yüksek elektronegatifliğe sahip olan element belirtilir ve “-ür” ya da “-oksit” eki kullanılır. Bazı moleküler bileşiklerin adlandırılması: CO bileşiği, karbon monoksit olarak adlandırılır. N2O5 bileşiği, diazot pentaoksit olarak adlandırılır.