Atomun üç boyutlu modeli için aşağıdaki örnekler verilebilir: Elektron bulutu modeli: Bu modelde, elektronların tam konumunu belirlemek yerine, en büyük olasılıkla bulunabileceği alanlar (orbitaller) gösterilir. Top ve çubuk modeli: Bu yöntemde, atom çekirdeği top, bağlar ise çubuk ile temsil edilir. Boşluksuz model: Atomlar, üst üste binen küreler olarak gösterilir. Ayrıca, Los Angeles Kaliforniya Üniversitesi'nden bilim insanları, taramalı aktarmalı elektron mikroskopisi kullanarak atomların tek tek üç boyutlu konumlarını belirleyebilmiştir.