Bir atomun büyüklüğünü belirleyen temel faktörler şunlardır: Enerji katmanları (enerji seviyeleri). Çekirdek yükü. Atomun büyüklüğü, elektron bulutunun yeri ile de ilgilidir. Atom yarıçapını belirlemek zordur, çünkü elektronların çekirdek etrafındaki katmanlarda bulunma olasılığı çekirdekten uzaklaştıkça azalır. Atom yarıçapı ile ilgili farklı türler vardır: Kovalent yarıçap. Van der Waals yarıçapı. İyon yarıçapı.