Arıcılıkta en büyük sorun olarak şunlar öne çıkmaktadır: Varroa akarı: Arı nüfusunda ve bal üretiminde önemli kayıplara neden olan bir parazittir. Kimyasal kalıntılar: Kimyasal ilaçlarla tedavi sonrası balda kalıntı oluşması, hem iç hem de dış piyasada pazar sorunlarına yol açmaktadır. Eğitim eksikliği: Arıcıların pratik ve teorik eğitim eksikliği, başarılı bir arıcılık yapılmasını engellemektedir. Örgütsüzlük ve pazarlama sorunları: Arıcıların yeterince örgütlü olmaması ve ürünlerin zamanında, uygun fiyattan satılamaması. Uygun olmayan ana arı kullanımı: Bölgeye uyum sağlayamayan ana arıların kullanılması, bal verimini düşürmektedir. İklim ve çevresel faktörler: Küresel ısınma, iklim değişikliği, doğal habitatların bozulması gibi faktörler arıcılığı olumsuz etkilemektedir.