Erhan Afyoncu, Milli Savunma Üniversitesi rektörlüğüne, 4 Ekim 2016 tarihinde, Cumhurbaşkanı Recep Tayyip Erdoğan tarafından atanmıştır. Erhan Afyoncu'nun rektörlük görevine getirilme nedeni olarak, akademik kariyeri ve tarih alanındaki uzmanlığı gösterilebilir. Kendisi, tarihçilik, yazarlık, televizyon programcılığı ve köşe yazarlığı gibi alanlarda önemli çalışmalara imza atmıştır.