Musakka ve karnıyarık aynı yemekler değildir, ancak bazı benzerlikleri vardır. Musakka, kıyma, patlıcan, domates ve baharatlarla hazırlanan bir yemektir. Karnıyarık ise, patlıcanın içinin oyulup kıymalı harçla doldurulmasıyla hazırlanan bir yemektir. Bu nedenle, musakka daha çok kıymalı ve soslu bir yapıya sahipken, karnıyarık daha fazla sebze odaklı bir yemektir.