Musakkanın en güzel yapıldığı sebzeler arasında patlıcan, patates ve kabak bulunur. Patlıcan musakkası, geleneksel bir tarif olup, patlıcan, kıyma, soğan, biber ve domates gibi malzemelerle hazırlanır. Sebzeli Ege musakkası, patlıcan, patates, kabak, domates ve biber gibi sebzelerle yapılır. Kabak musakkası, kabak, kıyma, soğan, domates ve salça kullanılarak hazırlanır. Ayrıca, musakkada kuşbaşı et veya vejetaryen olarak sadece sebzeler de kullanılabilir.