Musakka ve karnıyarık aynı değildir, her iki yemek de sebze ve etle hazırlansa da, malzeme kullanımı ve pişirme yöntemleri açısından belirgin farklılıklar gösterir. Musakkanın temel özellikleri: Patlıcan dilimleri genellikle kızartılarak kullanılır. Kıyma, soğan ve baharatlarla sotelenir. Tabaklara yerleştirilirken, patlıcan dilimleri ve kıyma kat kat dizilir. Üzerine genellikle beşamel sos veya domates sosu eklenir. Karnıyarığın karakteristik özellikleri: Patlıcanlar, genellikle uzunlamasına ortadan ikiye kesilip içi oyulur. İç harç, kıyma, soğan, domates ve baharatlarla hazırlanır. Patlıcanların içine doldurulan harç, genellikle domates dilimleriyle süslenir. Pişirme işlemi, genellikle fırında veya ocakta yapılır. Bu farklılıklar, her iki yemeğin kendine özgü tat ve sunum özelliklerini oluşturur.