E-fatura ve e-arşiv fatura arasındaki temel farklar şunlardır: E-fatura: Sadece e-fatura sistemine kayıtlı kullanıcılar arasında kullanılır. Fatura, elektronik ortamda karşı tarafa iletilir ve kağıt çıktı alınamaz. UBL-TR formatı zorunludur. Gönderilen her fatura önce Gelir İdaresi Başkanlığı'na (GİB) iletilir. E-arşiv fatura: E-fatura sistemine kayıtlı olmayan kişi veya işletmelere gönderilir. Fatura hem elektronik hem de kağıt çıktı olarak iletilebilir. Format zorunluluğu yoktur. GİB'e yalnızca ay sonlarında rapor verilir. Ayrıca, e-arşiv faturanın zaman damgası varken, e-faturada zaman damgası kullanım zorunluluğu yoktur.