Proteinlerin en iyi şekilde sindirilmesini sağlayan faktörler arasında proteazlar veya proteolitik enzimler bulunur. Bazı proteolitik enzimler ve kaynakları: Pepsin. Tripsin ve kimotripsin. Karboksipolipeptidaz. Aminopeptidaz, tripeptidaz ve dipeptidaz. Ayrıca, PDCAAS (Protein Sindirilebilirliği Düzeltilmiş Amino Asit Skoru) ve DIAAS (Sindirilebilir Vazgeçilmez Amino Asit Skoru) gibi yöntemler, bir proteinin kalitesini ve sindirilebilirliğini değerlendirmek için kullanılır. Proteinlerin sindirimi, kaynağına bağlı olarak farklılık gösterebilir; örneğin, whey proteini en hızlı sindirilen proteinler arasında yer alırken, kazein proteini daha yavaş sindirilir.