Mozaik Klinefelter Sendromu, kişinin bazı hücrelerinde 47,XXY kromozom yapısının, bazı hücrelerinde ise sağlıklı erkeklerde olduğu gibi 46,XY kromozom yapısının bulunması durumudur. Bu durum, kromozomların mitoz bölünmeler sırasında anne karnında hatalı ayrılması sonucu ortaya çıkar. Belirtileri genellikle daha hafiftir ve klasik Klinefelter sendromuna göre hipogonadizm (cinsiyete özgü hormonların az veya hiç olmaması), osteoporoz veya çeşitli psikiyatrik ve bilişsel bozukluklar daha az sıklıkla görülür. Tedavisi yoktur, ancak hormon tedavisi ve yardımcı üreme teknikleri gibi yöntemlerle semptomların yönetimi ve çocuk sahibi olma şansı artırılabilir.