Etkin pişmanlıkta zarar giderimi, suçun niteliğine ve ceza yargılamasının aşamasına göre farklı zamanlarda yapılabilir: Soruşturma aşamasında: Zimmete geçirilen malın iade edilmesi veya zararın tamamen tazmin edilmesi halinde, verilecek ceza üçte iki oranında indirilir. Kovuşturma aşamasında: Dava açıldıktan sonra, ancak hüküm verilmeden önce zarar giderilirse, ceza yarısı oranında indirilir. Hükümden sonra (istinaf aşamasında): Zarar giderimi, bazı kararlarda etkin pişmanlık hükümlerinin uygulanmasına yol açabilir, ancak bu konuda Yargıtay'ın farklı yaklaşımları bulunmaktadır. Etkin pişmanlıktan yararlanılabilmesi için, mağdurun zararının giderilmesi yanı sıra, yargılama sürecine katkıda bulunma ve suçluların yakalanmasına yardımcı olma gibi şartlar da aranabilir.