Yapı kayıt belgesi, Çevre ve Şehircilik Bakanlığı ve yetkilendirdiği kurum ve kuruluşlar tarafından iptal edilebilir. Ayrıca, yapı kayıt belgesinin iptali için idari işlem hangi yerde gerçekleştiyse o yerde bulunan idare mahkemesine başvurulabilir. Yapı kayıt belgesinin iptal edilmesi durumunda, resmi belgenin düzenlenmesinde yalan beyan suçundan soruşturma açılabilir, yıkım ve para cezası kararı alınabilir, işyeri açma ve çalışma ruhsatı iptal edilebilir, su, elektrik ve doğalgaz aboneliği iptal edilebilir.