İmar affı, arsa payını doğrudan etkilemez. Ancak, imar affı kapsamında ruhsatsız veya imara aykırı yapıların yasal hale getirilmesi sürecinde, yapının bulunduğu arsanın emlak vergi değeri dikkate alınır ve bu değer, yapı kayıt belgesinin hesaplanmasında kullanılır. Arsa payının düzeltilmesi ise, kat irtifakı veya kat mülkiyeti kurulduktan sonra, bağımsız bölümlerin değerlerinin artması veya azalması durumunda söz konusu olabilir ve bu, imar affından bağımsız bir hukuki süreçtir.