Mali mühür ile e-imza arasındaki temel farklar şunlardır: Kullanım Alanı: e-İmza, kişinin ıslak imzasının elektronik karşılığı olup, bireysel kullanıcılar ve şahıs şirketleri için geçerlidir. Mali mühür, tüzel kişiliklerin (firmaların) elektronik işlemlerini güvence altına alır ve kurumsal kimliği temsil eder. Kullanım Şekli: e-İmza, elektronik ortamda imzalanması gereken belgelerde kullanılır ve tamamen kişisel bir veridir. Mali mühür, elektronik fatura, e-defter ve diğer e-dönüşüm uygulamalarına kayıt olmak ve bu uygulamaları kullanmak için gereklidir. Başvuru Süreci: e-İmza, Bilgi Teknolojileri ve İletişim Kurumu’nca yetkilendirilmiş Elektronik Sertifika Hizmet Sağlayıcıları'ndan alınır. Mali mühür, Kamu Sertifikasyon Merkezi'nin internet sitesi üzerinden başvuru yapılarak alınır.