Klinefelter sendromu, bir erkek çocuğun fazladan bir X kromozomuyla doğması sonucu ortaya çıkar ve bu durum 47, XXY kromozomal konfigürasyonuna yol açar 23.

Bu genetik hata, ebeveynlerden birinde üreme hücrelerinin oluşumu sırasında meydana gelen rastgele bir genetik hatadan kaynaklanır 3. Kesin nedeni bilinmemekle birlikte, 35 yaşından sonra çocuk sahibi olan kadınlarda riskin biraz daha yüksek olduğu düşünülmektedir 2.

Klinefelter sendromu kalıtsal değildir ve ebeveynlerin yaptığı veya yapmadığı herhangi bir şeyle ilişkili değildir 34.