Parankimal hücrelerin farklılaşması, morfogenez ve diferansiyel gen ifadesi süreçleriyle gerçekleşir. Morfogenez: Hücreler, görev alacakları konuma doğru gider ve kimyasal ve fiziksel koşullara bağlı olarak farklı doku ve organları oluşturmak üzere değişim geçirirler. Diferansiyel gen ifadesi: Genomun bazı kısımları, biyokimyasal yapılar ve moleküller ile fiziksel koşullar altında okunur. Ayrıca, sitoplazmik karar vericiler (cytoplasmic determinants) adı verilen moleküllerin hücre içi iskelete tutunarak gelişim sırasında farklı yönlere dağılması, hücrelerin farklı moleküller açısından zenginleşmesine ve bu sayede farklılaşmasına neden olur. Örnek: Yassı solucanlarda, kas tabakasıyla bağırsak arasında bulunan çeşitli hücrelerden oluşan sert doku, bir parankimal hücre türüdür. Not: Hücrelerin farklılaşması, belirli bir noktaya kadar mümkündür; sonrasında hücreler, farklılaştıkları görevi yerine getirmeye devam ederler.