FoxP2 mutasyonunun nedeni, genellikle sporadik mutasyonlar (de novo) veya ebeveynlerden miras alınması olarak iki şekilde ortaya çıkabilir. Sporadik mutasyonlar: Bu mutasyonlar, embriyonun gelişimi sırasında rastgele olarak genetik materyalde meydana gelen değişikliklerdir. Ebeveynlerden miras alınması: Nadir durumlarda, bir ebeveynde aynı FoxP2 değişikliği varsa, bu değişikliği çocuğuna aktarabilir. FoxP2 mutasyonları, konuşma ve dil bozukluklarına yol açan FoxP2 ile ilişkili sendromun gelişmesine neden olur.