E. coli analizi iki ana yöntemle yapılabilir: 1. Membran Filtrasyon Tekniği: Belirli bir hacimdeki su örneği, 0,45 µm gözenek çapına sahip membran filtre üzerinden süzülür. Filtre, E. coli'nin büyümesi için gerekli olan besiyeri bulunan bir petri kabına yerleştirilir ve inkübasyona bırakılır. İnkübasyon sonrası tipik E. coli kolonileri sayılır ve doğrulanır. 2. EMS (En Muhtemel Sayı) Tekniği: Numune, ardışık üç seyreltme yapılarak sıvı besiyerlerine ekilir ve inkübasyona bırakılır. Üreme görülen tüpler pozitif olarak değerlendirilir ve istatistik yöntemlerle bakteri miktarı hesaplanır. E. coli analizi, uzman kadro ve teknik imkanlar gerektiren bir süreçtir; bu nedenle yetkili ve akredite laboratuvarlarda yapılması önerilir.