Stok kültür hazırlamak için iki yöntem kullanılabilir: 1. Yatık kültür: Öze ile alınan örnek, tüpteki yatık agar yüzeyinin en alt kısmına temas ettirilir ve hafifçe ezilerek yukarı doğru zikzaklar çizilerek tüpten çıkarılır. Besiyerleri inkübasyona bırakılır, inkübasyon süresi kısa tutularak agar yüzeyinde kolonilerin görünmesi için yeterli süre sağlanır. 2. Liyofilize (dondurulmuş ve kurutulmuş) kültürler: Kültürler, uygun ambalaj materyali içerisinde liyofilize edilerek bir cam şişe veya tüp içinde saklanır. Kültür, steril süt, kan serumu veya koruyucu maddelerle karıştırılarak süspansiyon haline getirilir. Kültür, -40 ile -70°C arasında dondurulur ve basınç altında donmuş su, sıvı hale geçmeden vakumlanarak kurutulur. Ek adımlar: Daha önce uygun bir yöntemle muhafazası sağlanmış olan hücreler, sterilize edilmiş besiyerinde inkübasyona bırakılarak stok kültür oluşturulur. Stok kültürden ilgili besiyerine inokülasyon ile ön kültür oluşturulur. Geri kalan stok kültür, gliserol çözeltisi ile muamele edilerek düşük sıcaklıklarda muhafaza edilir.