İyonlar ve moleküller arasındaki temel farklar şunlardır: İyonlar, atomların elektron kazanması veya kaybetmesi sonucu oluşan yüklü yapılardır. İyonlar, genellikle tek atomlu veya çok atomlu olarak sınıflandırılır. İyonik bileşikler, bağımsız molekül birimlerinden oluşmaz. Örnekler: İyonlar: Na+, Ca2+, Fe3+, O2-. Moleküller: H2, O2, N2, F2, HCl, H2O, CH4.