Molekül modeli hazırlamak için iki yöntem kullanılabilir: 1. Hazır atom modelleri kullanarak: Atom modellerinin temini: Plastik atom modelleri, belirli renklerde ve farklı boyutlarda temin edilebilir. Model oluşturma: Hidrojen, oksijen, azot gibi atomları temsil eden bu modeller bir araya getirilerek su (H2O), amonyak (NH3) gibi molekül modelleri oluşturulabilir. 2. Kolay temin edilebilir malzemelerle: Malzeme temini: Karton kağıt, oyun hamuru ve plastik başlı toplu iğne gibi malzemelerle de molekül modelleri yapılabilir. Model oluşturma: Bu malzemeler kullanılarak, merkezi atomun hibrit tipine göre inorganik ve organik molekül modelleri oluşturulabilir. Ayrıca, bilgisayar destekli moleküler modelleme yöntemleri de mevcuttur.